تختص الإدارة المركزية لشئون الأمانة بالأتى:
- تنفيذ القوانين والقرارات واللوائح الخاصة بالشئون المالية والشئون الإدارية وشئون العاملين وكذلك القرارات المعدلة لها بقطاع النقل البحري.
- وضع خطة توفير إحتياجات قطاع النقل البحري من القوى العاملة وفي ضوء السياسة العامة للدولة.
- إعداد الموازنة العامة للقطاع ومتابعة تنفيذها.
- القيام بجميع الأعمال المالية والإدارية بالقطاع.
- إعداد ترشيحات الإدارة العليا التابعة بناء على طلبها مشفوعة بالرأى لعرضها على رئيس القطاع وتنفيذ الإجراءات الخاصة بالتعيين والترقية لوظائف الإدارة العليا.
- تجميع البيانات التفصيلية عن شاغلي الدرجة الأولى فما فوقها بقطاع النقل البحري والبيانات اللازمة عن العمالة وتصنيفها وتحليلها لأغراض تخطيط العمالة بالقطاع.
- تطبيق اللائحة المالية والرد على مناقضات الجهاز المركزى للمحاسبات.
- إعداد مشروعات القرارات الخاصة بالتعيينات ومنح العلاوات والترقيات والأجازات والجزاءات....الخ، للعاملين بالقطاع بالنسبة لشاغلي وظائف الإدارة العليا.
- الإشراف على كافة أعمال الخدمات الإدارية وأعمال التلكس والتليفونات والتصوير والطباعة وتشغيل السيارات وعلى العهد المستديمة والمستهلكة والأعمال المتعلقة بالصيانة.
- القيام بالإشراف على أعمال التحريرات والسكرتارية العامة والمحفوظات والبريد وأعتماد الشهادات الإدارية وتراخيص السفر للخارج.
- وضع اللوائح والنظم الخاصة بالحوافز وبدل طبيعة العمل والأجور الأضافية والمكافآت للعاملين بالقطاع.
- وضع النظم الخاصة بمراقبة الحضور والإنصراف بالنسبة للعاملين بالقطاع واصدار التعليمات المتعلقة بذلك.
- الإشراف على المظهر العام الخارجى والداخلى لمبنى القطاع ليكون على الوجه اللائق.
- تشجيع العاملين على تكوين صناديق وجمعيات التكافل الإجتماعي في مختلف المجالات ودفع مبادرات العاملين في تأسيس هذه الصناديق والجمعيات ودعم نشاطها وتنظيم التعاون معها.
- العمل على تقوية وتدعيم الروابط الأسرية بين العاملين بالقطاع والإشراف على الخدمات الإجتماعية.
وتتكون الإدارة المركزية لشئون الأمانة العامة من التقسيمات التنظيمية الأتية:-
الإدارة العامة للشئون المالية والإدارية وتتبعها:-
- إدارة الشئون المالية وتتكون من:-
- قسم الحسابات
- قسم الموازنة
- قسم المشتريات والمخازن
- قسم الخزينة
- إدارة شئون العاملين.
- إدارة الشئون الإدارية وتتكون من:-
- قسم الخدمات الإدارية
- قسم الخدمات الداخلية
- قسم شئون المقر
- قسم رعاية العاملين
- قسم مراقبة المخزون السلعي.
- وحدة سكرتارية.